2000年の歴史を誇り、延喜式内社で名神大社に記されるなど古くから信仰の対象となった神社です。
当初は会津高原の天津嶽の山頂に鎮座していたとされ、博士山、明神ヶ岳と移転を繰り返し、欽明天皇13年（522）に高田南原の地に遷り、同21年（530）に現在地に遷座されました。

祭神である大毘古命（オオヒコノミコト）と建沼河別命（タケヌナカワワケノミコト）が相合ったため相津（会津）という地名が起こったとの伝説もあり会津総鎮守、奥州二宮、岩代一宮にもなっています。
歴代領主からも崇敬され、室町時代後期に芦名盛安から寄進された神輿は国重要文化財に指定されている他、会津藩の保科家の崇敬社となり数多くの社宝があります。

御田植祭は日本三田植に数えられ催馬楽、獅子追い、田植人形、など古来から伝わるもので福島県最古の形式を伝えています。